Under kommunisttiden (1924-1991) mottok Mongolia massiv økonomisk hjelp fra Sovjetunionen, og på sitt største utgjorde denne assistansen så mye som en tredjedel av Mongolias BNP. Denne hjelpen forsvant nærmest over natten som følge av Sovjetunionens kollaps i begynnelsen 1990-årene, og det neste tiåret opplevde Mongolia først en sterk resesjon, deretter økonomisk vekst. Omfattende tørke både om sommeren og vinteren i 2001 og 2002 fikk store konsekvenser for landbruket og førte til ingen eller negativ vekst for landets BNP.
Mongolia har lenge hatt en høy inflasjonsrate, men de internasjonale forventningene til vekst i økonomien (særlig gruvedriften), har ført til at den mongolske valutaen likevel styrker seg.
Landets viktigste handelspartnere er Kina og Russland, og Mongolias økonomi er sterkt påvirket av nabolandenes. Rundt 70 % av Mongolias eksport går til Kina, mens 30 % av den samlete importen kom fra Kina. Mongolia importerer omtrent 95 % av sine petroleumsprodukter og en betydelig andel elektrisitet fra Russland, noe som gjør landet sårbart overfor prisstigning. Den mongolske børsen, etablert i 1991 i Ulaanbaatar, er verdens minste børs målt etter markedskapitalisering. Fra 1997 har Mongolia vært medlem av Verdens handelsorganisasjon WTO, og har uttrykt ønske om økt handel mellom landene i Asia.
Selv om stadig flere bor i byene, er Mongolias økonomi fremdeles konsentrert rundt næringer som landbruk og gruvevirksomhet. Landet har store mineralressurser og utvinning av kobber, kull, molybden, tinn, wolfram og gull utgjør en viktig del av landets industrielle produksjon. Mongolia er verdens tredje største produsent av flusspat.
Det harde kontinentalklimaet gjør at landbruket er sårbart overfor natursvingninger som ekstrem tørke og kulde. Landet består av lite dyrkbar mark, men til gjengjeld kan omtrent 80% av arealet brukes som beitemark. Flertallet av befolkningen på landsbygda driver subsistenslandbruk i form av gjeting, og en typisk buskap består ofte av sauer, geiter, kveg, hester og kameler. Mongolia har et høyere antall husdyr per innbygger enn noe annet land i verden. Det blir også dyrket hvete, bygg, potet og andre grønnsaker foruten tomat, vannmelon og havtorn; i tillegg kommer andre vekster som fôr til dyrene. I kommunistperioden var landbruket kollektivisert, men det har siden 1990-årene blitt privatisert.
Mongolias bruttonasjonalprodukt (BNP) var på totalt 5 milliarder dollar i 2008 ifølge anslag gjort av CIA World Factbook, mens landets BNP per innbygger ble estimert til 3 200 dollar. Selv om landets BNP har hatt en årlig vekst på omtrent 7,5 % siden 2002, sliter Mongolia fremdeles med handelsunderskudd. Landet er fortsatt som utviklingsland å regne, og mottar utenlandsk bistand – både i form av økonomiske tilskudd og teknisk bistand – fra internasjonale organisasjoner som EU og Verdensbanken, samt fra enkelte land som Japan og USA. I 2006 var 32 % av befolkningen anslått til å leve under fattigdomsgrensen (mot 36 % i 2002-2003 og 35,6 % i 1998).
Primærnæringene sto i 2008 for 20 % av Mongolias verdiskapning og ga arbeid til en tredjedel av den arbeidsdyktige befolkningen, i følge CIA World Factbook. Sekundærnæringene utgjør med sine 38,5 % en betydelig del av Mongolias BNP, men sysselsetter imidlertid bare 5 % av arbeidsstokken. 42 % av Mongolias samlede verdiskapning skjer i tertiærnæringene, som også sysselsetter 60 % av befolkningen.
Uår som følge av klimaendringer, ekstrem tørke etc. har ført til at mange nomader har tapt alt de har eid og har flyttet til Ulaanbaatar. Rundt bykjernen er det nå anslagsvis 500 000 nomader i spredte bosettinger. Hovedstaden har nå ca. en tredjedel av landets befolkning, og de sosiale utfordringene er store.
Landets industri er lokalisert særlig i de større byene Ulaanbaatar og Darhan, og baserer seg i hovedsak på foredling av råvarene fra mineralutvinningen og landbruket. Det finnes også bedrifter som driver kles- og tekstilproduksjon. Kull er foreløpig landets eneste kraftkilde som ikke må importeres, men vann- og vindkraftverk og oljeraffinerier er under utbygging. På landsbygda bruker man fremdeles tradisjonelle energikilder i form av ved, tørkede røtter o.l.
Høsten 2017 var kursen på den mongolske valutaen togrog (tugrik): 10 000 togrog = ca. NOK 33; med andre ord, ta vekk de to siste sifrene og del på 3 for å få norsk verdi.